میکروسکوپ‌های الکترونی در پژوهش های زیست نانو فناوری ابزاری نیرومند و دارای قابلیت‌های فراوانی برای تصویر برداری، آشکار سازی و ارائه اطلاعات مفید درباره پدیده‌های بسیار کوچک هستند. داده‌های حاصل از پردازش اطلاعات از نمونه‌ها، از یک منـظر در ساخت و تولیـد ریز تراشها، سیستم‌های متنوع الکترونی و الکترومکانیکی اهمـیت خاص دارد و از منـظر دیگـر در به کارگیـری نمونه های بیولوژی (سلول ها، پروتیـن ها و...) برای طراحی و ساخت ریزتراشه‌های زیسـتی و سیستم‌های زیستی نانومتری نقش به سزایی را ایفا می‌کند.